Il vient d'un futur alternatif, dans lequel Sangoku est mort d'une maladie cardiaque, et la Terre est dévastée par deux Cyborgs : C-17 et C-18, qui ont tué tous les amis de Sangoku (Végéta, Piccolo, Krilin, Tenshinhan, et Sangohan), sauf lui. Sangoku ne les a pas combattu puisqu'il st mort quelques années plus tôt d'une maladie du coeur. Pour tenter de changer le cours de l'histoire, Bulma construit une machine à remonter le temps et envoie son fils dans le passé, avec le médicament qui permettra à Sangoku de survivre. Trunks arrive donc dans le présent juste à temps pour tuer Freezer et le roi Cold lors de leur arrivée sur la Terre, en se transformant en super Saiyan. Puis il prévient Sangoku de ce qui doit se passer bientôt, et lui donne le médicament, puis il retourne dans son futur.
Il revient trois ans plus tard, juste après l'arrivée des Cyborgs C-19 et C-20 pour aider Sangoku et ses amis à les vaincre. Il est surpris car les événements ne se passent pas comme il l'avait prévu : les Cyborgs ne sont pas les mêmes que ceux qu'il connaît et ils sont encore plus puissants. De plus, il a l'occasion de découvrir son père Végéta, qui n'est pas comme sa mère l'avait décrit. Il se voit également lui-même bébé, puisque dans ce présent-ci il est né quelques mois auparavant. Afin de vaincre les Cyborgs et Cell, il se rend avec Végéta dans la salle de l'Esprit et du Temps pour s'entraîner une année entière (en réalité, une seule journée s'écoule dans le monde extérieur). Il parvient ainsi à dépasser le stade de super Saiyan, mais ce n'est pas suffisant pour vaincre Cell.
Lors du Cell Game, il est tué par Cell, ce qui éveille les sentiments paternels de Végéta qui tente alors de le venger. Après la mort de Cell, Trunks est ressuscité à l'aide des Dragon Balls, puis il retourne dans son futur, où, étant devenu beaucoup plus puissant au cours de son voyage temporel, il parvient facilement à débarrasser définitivement la Terre de C-17 et C-18. Ensuite il tue Cell pour éviter qu'il parte dans le passé.